A SBPJor promove congressos nacionais anuais desde 2003, sempre no mês de novembro. O primeiro encontro foi sediado pela Universidade de Brasília, seguido pela Universidade Federal da Bahia (2004), Universidade Federal de Santa Catarina (2005), Universidade Federal do Rio Grande do Sul (2006), Universidade Federal de Sergipe (2007) e Universidade Metodista de São Paulo (2008), Universidade de São Paulo (2009), Universidade Federal do Maranhão (2010), Universidade Federal do Rio de Janeiro (2011), Pontifícia Universidade Católica do Paraná (2012), Universidade de Brasília (2013), Universidade de Santa Cruz do Sul (2014) e Universidade Federal de Mato Grosso do Sul (2015). Em 2016 o evento terá como sede a Universidade do Sul de Santa Catarina, em Palhoça/SC.

Além disso, a SBPJor organiza, desde 2011, o Encontro de Jovens Pesquisadores em Jornalismo (JPJor) – um evento voltado para estudantes da graduação e recém-graduados em Jornalismo de todo o país. O JPJor é realizado anual e paralelamente ao Encontro Nacional de Pesquisadores de Jornalismo.

A associação também já organizou quatro congressos internacionais: o V Congreso Iberoamericano de Periodismo en Internet (2004), a I Journalism Brazil Conference (2006), o I Brazil-India Journalism Research Colloquium (2017) e o I Brazil-France-Francophone Belgium Journalism Research Conference (2018).

Os encontros recebem apoio do CNPq e da Capes, bem como de agências de fomento estaduais e entidades parceiras.